تختص إدارة التظلمات بالآتي :
1- إعداد السجلات اللازمة لقيد التظلمات الواردة إلى الهيئة.
2- دراسة التظلمات المقدمة من الأفراد ومنظمات المجتمع المدني وغيرها بشأن طلبات ترشيحهم للقيام بأعمال التقويم وعرض نتيجة الدراسة على مجلس إدارة الهيئة للبت فيها.
3- إخطار المؤسسات التعليمية بنتائج فحص التظلمات.
4- إخطار المؤسسات التعليمية بأية بيانات أو مراسلات في ضوء أعمال فحص التظلمات.